Muzułmańska mniejszość zamieszkuje głównie na obszarach miejskich. Większość muzułmanów to sunnici, choć istnieje mniejszość szyicka i nieduża społeczność ismailitów. W Burundi można znaleźć około 100 wyznawców dźinizmu, a także niewielkie społeczności żydowskie i prawosławne.
Chociaż Burundi oficjalnie jest państwem świeckim, obchodzone są takie święta narodowe jak: Wniebowstąpienie Pańskie, Wniebowzięcie Najświętszej Maryi Panny i Boże Narodzenie.
Statystyki thumb|200px|Katedra katolicka w Bużumbura thumb|200px|Kościół katolicki w Gitega thumb|200px|Meczet w Bużumbura Statystyki na 2010 rok, według Operation World, kiedy ludność Burundi wynosiła 8,5 mln: Religie/kościoły Liczba wiernych Procent ludności Kościół katolicki 5 190 000 60,92% Kościół Anglikański 723 500 8,49% Wspólnota Kościołów Zielonoświątkowych 689 000 8,09% Islam 468 537 5,5% Tradycyjne religie etniczne 323 717 3,8% Kościół Adwentystów Dnia Siódmego 220 584 2,59% Zielonoświątkowe Stowarzyszenie Ewangeliczne Afryki 165 000 1,94% Eglise Vivante 95 000 1,11% Unia Kościoła Metodystycznego