nowa fasada otrzymała ozdobny portal z kamiennymi wazami. Pracami kierował miejscowy majster Kasper Urlespacher. Rzeźby św. Stefana i św. Władysława wykonał koszycki rzeźbiarz Jozef Hartmann. Z pierwotnej budowli zachowało się jedynie sklepienie sieciowe nad chórem (w dawnym prezbiterium).
Po likwidacji zakonów kontemplacyjnych (w tym i minorytów) przez cesarza Józefa II w 1787 r. kościół i zabudowania klasztorne przeszły w ręce miasta. Znacznie uszkodzone przez pożar, służyły następnie jako magazyny wojskowe.
W 1790 r. Preszów stał się siedzibą wikariuszy biskupa mukaczewskiego cerkwi unickiej. Po tym, jak 3 listopada 1815 r. cesarz Franciszek I utworzył w Preszowie greckokatolicką eparchię, papież Pius VII bullą Relata semper z 21 września 1818 r. zatwierdził nowe biskupstwo, a przejęty przez nie w 1821 r. kościół uzyskał rangę katedry. W 1835 r. do nawy dobudowano dwie kaplice, a w przebudowanym wejściu do świątyni powstała trzecia kaplica (tzw. farska). W 1865 r. podwyższono wieżę.