Kruche zbliżenie pomiędzy Małgorzatą Ludwiką, a resztą rodziny załamało się kiedy w 1667 roku wydała na świat córkę Annę Marię Ludwikę, a wkrótce po tym zachorowała na ospęHarold Acton: The Last Medici str. 103.
Wielka Księżna Toskanii: 1670-1721 lewo|mały|223x223px|Ludwik XIV, kuzyn Małgorzaty Ludwiki Po śmierci Ferdynanda II w maju 1670 roku, Małgorzata Ludwika została wielką księżną ToskaniiPaul Strathern: Medyceusze. Mecenasi sztuki – tyrani – kochankowie str. 372. Zgodnie ze starą tradycją po wstąpieniu Kosmy III na tron matka nowego władcy weszła w skład Consulty (organu doradzającego wielkiemu księciu)Harold Acton: The Last Medici str. 113. Odgrywając się na synowej Wiktoria della Rovere pozbawiła ją możliwości uzyskania wpływu na politykę Wielkiego Księstwa Toskanii, pozostawiając jej jedynie nadzór nad edukacją najstarszego syna, następcy tronu FerdynandaG.F. Young: The Medici: Volume II str. 460Harold Acton: The Last Medici str. 114. Rozwścieczona zniewagą jaka ją spotkała, Małgorzata Ludwika stawiła czoła teściowej, domagając się pierwszeństwa przed nią oraz możliwości wejścia w skład Consulty. Kosma III opowiedział się po stronie matki.