Później pisał książki historyczne o czerwonym terrorze i „niemieckim złocie” bolszewików.

Za swoje poglądy polityczne Mielgunow w bolszewickiej Rosji był uznawany „białogwardyjską wrogą bestię”.

Napisane przez niego prace historyczne wyzwały ostrą polemikę wśród rosyjskiej emigracji lat 30. XX wieku, w tym czasie jego nazwisko w ojczyźnie zostało skazane na całkowite zapomnienie.

Dopiero w końcu lat 90. XX wieku aktywność rosyjskiej emigracji i jej konsekwencje spowodowały, że nazwisko Mielgunowa zaczęło się pojawiać w życiu publicznym, a nie, jak to miało miejsce dotychczas, gdzie znała go jedynie wąska grupa historyków.

Do 1917 roku W 1906 Mielgunow wstąpił do Partii Konstytucyjno-Demokratycznej (kadetów), gdzie umieścił się na jej lewym skrzydle. W 1907 przeszedł do Partii Narodowo-Socjalistycznej. Jednocześnie zaczął publikować materiały historyczne w gazecie „Rosyjskie wiadomości”, w dziennikach „Rosyjskie bogactwo”, „Herald Europy”, „Myśl Rosyjska”, „Biuletyn Edukacyjny”. Publikował książki o historii cerkwi prawosławnej, szybko stał się uznanym autorytetem w tej dziedzinie.