Jednocześnie od 1879 do 1889 pracował naukowo, będąc adiunktem Nikołajewskiej Akademii Sztabu Generalnego. W tym czasie otrzymał swój pierwszy generalski stopień – generała-majora (1887).
Od stycznia 1890 do marca 1901 pełnił funkcję szefa sztabu Warszawskiego Okręgu Wojskowego, by następnie zostać zastępcą dowódcy tego okręgu (ówcześni dowódcy okręgu, Iosif Hurko i Michaił Czertkow pełnili zarazem funkcję warszawskiego generała-gubernatora). Na tym stanowisku pozostał formalnie do swej śmierci w maju 1904. W okresie służby w tzw. Królestwie Polskim otrzymał kolejne generalskie awanse: w 1893 został generałem porucznikiem, a w 1901 – generałem piechoty.
Afera płk. Grimma Na początku 1902 w armii rosyjskiej wyszła na jaw afera związana z osobą , oficera warszawskiego okręgu wojskowego, który był niemieckim szpiegiem. Kilka lat wcześniej Grimm przedstawił gen. Puzyriewskiemu „własny” plan wojny z Niemcami, w rzeczywistości spreparowany przez wywiad niemiecki. Grimm dzięki Puzyriewskiemu awansował do stopnia pułkownikaWedług źródeł rosyjskich Grimm był podpułkownikiem. i został oficerem operacyjnym.