Prócz manicheizmu istnieli też wyznawcy szamanizmu, buddyzmu, chrześcijaństwa i islamu.

Upadek Ujgurii Na przyczyny upadku kaganatu złożyły się takie czynniki, jak osłabienie władzy centralnej, manicheizm i najazdy z zewnątrz. Na przełomie VIII i IX wieku Ujgurią rządzili słabi w sensie politycznym chanowie, co sprzyjało rozwojowi ścierających się ze sobą w walce o wpływy ugrupowań. Specyfika głównej religii państwowej przyczyniła się do upadku obyczajów. Od drugiej dekady IX wieku kaganat stał się obiektem najazdów Kirgizów jenisejskich. W 818 roku chanowie potrafili jeszcze odeprzeć ataki. Od 835 roku do ataków Kirgizów jenisejskich dołączyli przywódcy plemienni z własnego obszaru. W 840 roku stolica została zdobyta przez Kirgizów jenisejskich i splądrowana, a chan zabity. Część Ujgurów w ciągu kilku następnych lat usiłowała walczyć, jednak z pomocą chińską wszelki ich opór wewnątrz państwa został przezwyciężony. Ci Ujgurzy, którym udało się uciec na Zachód, założyli kilka samodzielnych państw na terenie Wschodniego Turkiestanu i dzisiejszej prowincji Gansu.