Podczas stosunkowo krótkich rządów cieszył się dużą popularnością ze względu na dobre zarządzanie Zakonem, a także z powodu swej codziennej uprzejmości.
W czasie trzyletnich rządów Cotonera została wysłana ekspedycja na pomoc Wenecjanom, obleganym przez Turków w Kandii. Ich chwalebne czyny podniosły, i tak wysoką, renomę Rycerzy w Europie. W dowód wdzięczności za pomoc, i aby uhonorować rycerzy Zakonu za męstwo podczas całego oblężenia, Senat Wenecji uchwalił bezprecedensowy dekret, zezwalający członkom Zakonu Kawalerów Maltańskich na noszenie broni wewnątrz posiadłości Republiki.
Przedłużająca się wojna kandyjska w żaden sposób nie przerwała udanych wypraw morskich Zakonu, które były postrachem dla „niewiernych” i przyczyniły się do rozkwitu wyspy. W czasie panowania tego Wielkiego Mistrza, włoski malarz Mattia Preti, zwany Calabrese, rozpoczął wykonywanie wspaniałych malunków w konkatedrze św. Jana w Valletcie. Jako rekompensatę za jego wspaniałe usługi, przyjęto go w szeregi Zakonu.Na początku rządów Rafaela Cotonera założone zostały Upper Barrakka Gardens.