Ostatnia reorganizacja KMW miała miejsce w 1945, kiedy kompetencje zastępcy szefa przejął I zastępca szefa, a szefa Sztabu II zastępca szefa. Równocześnie utworzono Inspektorat Wyszkolenia.
3 marca 1947 roku szef Kierownictwa Marynarki Wojennej wiceadmirał Jerzy Świrski wydał ostatni rozkaz dzienny, w którym stwierdził, że ostatnim dniem istnienia Polskiej Marynarki Wojennej będzie 31 marca 1947 roku oraz poinformował podwładnych, że kontradmirał Józef Unrug z dniem 8 marca 1947 roku obejmie stanowisko zastępcy inspektora generalnego PKPR do spraw personelu Marynarki Wojennej. Na podstawie tego rozkazu 15 marca 1947 Kierownictwo Marynarki Wojennej zostało rozwiązane, obowiązki KMW przejął Urząd Zastępcy Inspektora Generalnego PKPR do spraw personelu Marynarki Wojennej oraz Komisja Likwidacyjna Marynarki Wojennej.
Podczas II wojny światowej Polska Marynarka Wojenna uczestniczyła, wspierając aliantów, we wszystkich ważnych operacjach morskich.