W lipcu 2016 Borja znalazł się w ogłoszonym przez Carlosa Restrepo składzie reprezentacji Kolumbii U-23 na Igrzyska Olimpijskie w Rio de Janeiro. Tam wystąpił w trzech z czterech meczów (w dwóch w wyjściowym składzie), tworząc formację ofensywną z graczami takimi jak Teófilo Gutiérrez czy Dorlan Pabón, a jego kadra odpadła z męskiego turnieju piłkarskiego w ćwierćfinale wskutek porażki z gospodarzem i późniejszym triumfatorem – Brazylią (0:2).
W seniorskiej reprezentacji Kolumbii Borja zadebiutował za kadencji selekcjonera José Pekermana, 10 listopada 2016 w zremisowanym 0:0 spotkaniu z Chile w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata w Rosji. Premierowe gole w pierwszej kadrze strzelił natomiast 14 listopada 2017 w wygranym 4:0 sparingu z Chinami, dwukrotnie wpisując się na listę strzelców.