Sobór watykański I Do kolejnych napięć ze Stolicą Apostolską doszło, gdy patriarcha odmówił konsekrowania wyznaczonych przez Rzym biskupów. Sprzeciwił się także nowym zasadom elekcji biskupów w Kościele chaldejskim, zatwierdzonych bullą Cum ecclesiastica disciplina. Uczestniczył w soborze watykańskim I, na którym sprzeciwiał się przyjęciu, zawartego w konstytucji Pastor aeternus dogmatu o nieomylności papieża. Podczas głosowania nad nią opuścił obrady. Odmówił także potem podpisania tego dokumentu.
Schizma Eliasza Mellusa W 1874 patriarcha poprosił papieża o przywrócenie tradycyjnej zwierzchności jurysdykcyjnej Kościoła chaldejskiego, jako następcy Kościoła Wschodu, nad katolikami obrządku malabarskiego w Indiach. Nie uzyskawszy odpowiedzi z Rzymu, patriarcha zdecydował się na wyświęcenie Eliasza Mellusa na biskupa Akry i wysłanie go jako metropolity do Indii, gdzie został ekskomunikowany. Bez konsultacji z Rzymem wyświęcił także kolejnych biskupów, w tym swojego następcę, Eliasza XIV Abulyonana. Dwóch z nich wysłał do Indii, aby pomagali w posłudze biskupiej Eliaszowi Mellusowi.