W listopadzie 1947 powrócił do Polski i zamieszkał na stałe w Bydgoszczy.
Od 1948 był kierownikiem zaopatrzenia w Państwowym Przedsiębiorstwie Robót Komunikacyjnych nr 1. Jego pasją było lotnictwo, udzielał się w Aeroklubie Bydgoskim oraz prowadził wykłady dla młodzieży. W 1961 był współorganizatorem i pierwszym prezesem Bydgoskiego Klubu Seniorów Lotnictwa (do 1967)Zenon Chwaliszewski: Bydgoski Klub Seniorów Lotnictwa [w:] Kalendarz Bydgoski 2013..
Zmarł 26 października 1970 w Bydgoszczy. Został pochowany na cmentarzu Nowofarnym.
Jan Kieżun był żonaty z Felicją z Kojusów. Miał córkę Barbarę (1926–1944) która zginęła walcząc jako sanitariuszka w Powstaniu Warszawskim.
Ordery i odznaczenia Krzyż Srebrny Orderu Wojskowego Virtuti Militari nr 125 – 8 kwietnia 1921 Krzyż Walecznych Złoty Krzyż Zasługi (29 kwietnia 1925)M.P. z 1925 r. nr 102, poz. 438 „za zasługi na polu organizacji lotnictwa wojskowego” - jako ppułk. Jan Kierzun. Polowa Odznaka Pilota nr 6 (11 listopada 1928) Krzyż Wojenny z 3 palmami (Francja) Order św. Stanisława kl. 2 (Imperium Rosyjskie) Order św. Włodzimierza kl. 2 (Imperium Rosyjskie) Order św. Anny kl. 2 (Imperium Rosyjskie) Order św. Stanisława kl. 3 (Imperium Rosyjskie) Order św. Anny kl. 3 (Imperium Rosyjskie) Order św. Anny kl. 4 (Imperium Rosyjskie) Order św.