lokatę wśród podpułkowników piechoty w swoim starszeństwie.
Kampania wrześniowa 3 pułk strzelców podhalańskich zmobilizowany został w ramach mobilizacji alarmowej w dniach od 24 do 26 sierpnia (a jego III batalion – w dniach od 25 do 29 sierpnia). Zadaniem pułku była obrona stała głównej pozycji dywizji (21 DPG), która otaczała Bielsko półkolem. Ppłk Czubryt był dowódcą pozycji „Bielsko”, a podlegała mu również położona dalej pozycja pod Dziedzicami. Jako dowodzący odcinkiem głównej pozycji „Dziedzice – Bielsko” miał pod swoimi rozkazami również batalion Obrony Narodowej „Bielsko”. Dowodził pułkiem na całym jego szlaku bojowym od Bielska po Lubelszczyznę. Między 4 a 5 września walczył na linii Skawina – Krzywaczka z oddziałami niemieckiego XVII Korpusu. Po utracie Bochni (6 września) uformował przemieszane oddziały w kolumnę i poprowadził je w kierunku Woli Radłowskiej. Wieczorem 7 września objął dowództwo (wraz z mjr. Ludwikiem Bałosem) nad odciętymi po zachodniej stronie Dunajca oddziałami Grupy Operacyjnej „Boruta"” (odcięte oddziały stanowiły około 2/3 sił tej grupy operacyjnej).