Fauna jaskini W Jaskini Liskovskiej stwierdzono dotychczas 12 gatunków nietoperzy. W latach 70. XX w. jaskinia była jednym z najważniejszych w tej części Słowacji zimowisk nocka dużego i nocka ostrousznego. Zarówno liczba gatunków jak i liczność tutejszej kolonii rozrodczej nocka rudego czynią obecnie jaskinię (wraz z systemem Jaskiń Demianowskich) najważniejszymi punktami na chiropterologicznej mapie Liptowa.
Stosunkowo uboga jest jaskiniowa fauna bezkręgowców. Głównie są to gatunki powierzchniowe, które przenikają do przywejściowych części jaskini, rzadziej zaś gatunki typowo troglofilne. Są wśród nich m.in. zaleszczotek Neobisium muscorum, skoczogonki Plutomurus carpaticus i Arrhopalites pygmaeus oraz pająk Clubiona pallidula. W mokrych, gliniastych sedymentach żyje wilgociolubna dżdżownica Octolasium lacteum. Godnym odnotowania jest znalezienie tu jaskiniowej formy skoczogonka z rodziny Megalothorax, nowej dla nauki.