Budowa Giganotosaurus uważany jest za jednego z największych teropodów, ale niekompletność jego szczątków utrudnia wiarygodne oszacowanie rozmiarów zwierzęcia. Niemożliwe jest przeto ustalenie z całą pewnością, czy był on większy od przykładowo tyranozaura, historycznie uznawanego za największego z teropodów. Różni badacze publikowali różne oszacowania rozmiarów, stosując różne metody i opierając się na różnych rekonstrukcjach brakujących części kośćca. Oszacowania długości holotypu mieszczą się między 12 a 13 m, z czaszką mierzącą od 1,53 do 1,80 m, kością udową osiągającą między 1,365 a 1,43 m oraz masą ciała między 4,2 i 13,8 tony. Zarośnięcie szwów mózgoczaszki wskazuje, że holotyp był osobnikiem dorosłym. Drugi okaz, składający się z kości zębowej z przypuszczalnie jeszcze większego osobnika, wykorzystano do ekstrapolacji długości na 13,2 m oraz czaszki na 1,95 m, masę ciała zaś określono na 8,2 tony. Niektórzy autorzy uznali największe szacunki za przesadzone w obu przypadkach. Giganotozaura porównywano z powiększoną wersją lepiej znanego allozaura. thumb|left|Rekonstrukcja Giganotosaurus miał silną szyję i potężny obrotnik. Dystalne kręgi szyjne miały krótkie, spłaszczone trzony z prawie półkulistymi połączeniami stawowymi na przedzie oraz z pleurocelami podzielonymi przez płytki.