Rozgrywka Deadfire, tak jak część pierwsza, jest komputerową grą fabularną, a większość podstawowych elementów mechaniki jest taka sama lub zbliżona. Gra rozpoczyna się od stworzenia własnej postaci. Niezależnie od wybranej klasy dostępne są przynajmniej trzy podklasy do wyboru. Gracz steruje drużyną bohaterów widzianą z rzutu izometrycznego. Wędrując po świecie, można spotkać osoby dające zadania nagradzane doświadczeniem czy przedmiotami. Do postaci mogą dołączyć towarzysze, z których część pochodzi z pierwszej części gry. Podczas walki można włączyć aktywną pauzę i wydać polecenia swoim postaciom. Podobnie jak w pierwszej części gracz otrzymuje punkty doświadczenia za wykonane zadania czy odkrywanie nowych obszarów, ale nie po zabiciu przeciwników. Gracz ma możliwość przemieszczania się własnym statkiem pomiędzy wyspami. Statek można ulepszyć pod względem wizualnym i usprawnić jego wyposażenie bojowe.