szpital miał dobrze wyposażoną salę operacyjną, zlokalizowaną w schronie, znajdującym się w sąsiednim gmachu Banku Landaua). W budynku banku mieściła się również szpitalna apteka. Funkcję naczelnego lekarza pełnili (kolejno) płk. Julian Szymański i kpt. dr Jerzy Dreyza. Mieszkania służbowe lekarzy, pielęgniarek i personelu szpitala mieściły się w kamienicach czynszowych tworzących wschodnią pierzeję placu przed pałacem Mniszchów.
Personel szpitala współpracował z Polskim Państwem Podziemnym. Przyjmowano rannych uczestników akcji ZWZ-AK, m.in. zamachu na Kutscherę. Udzielano pomocy Żydom i innym osobom zagrożonym aresztowaniem, prowadzono kursy sanitarne dla potrzeb powstających oddziałów konspiracyjnych sił zbrojnych. Ważnym i niełatwym zadaniem pracowników szpitala było również jego zaopatrywanie w leki i żywność.
„Malta” była też przygotowana do służby medycznej w czasie powstania warszawskiego. Personel szpitala nazywał również swoją placówkę „Maltańcem“.
Działalność w okresie powstania W chwili wybuchu powstania rejon Starego Miasta dysponował dwoma szpitalami stacjonarnymi: Szpitalem Maltańskim i Szpitalem św. Jana Bożego. Szefem sanitariatu Grupy Północ był mjr Cyprian Sadowski ps.