Pełnione funkcje Profesor Henryk Ćwięk był senatorem w Akademii im. Jana Długosza w Częstochowie (obecnie Uniwersytet Jana Długosza w Częstochowie) w latach 2004–2012 (przez dwie kadencje). Przewodniczył Senackiej Komisji Dyscyplinarnej dla Nauczycieli Akademickich w okresie 2004–2008. Później sprawował funkcję przewodniczącego Senackiej Komisji ds. Kadr, Koordynacji Badań Naukowych i Współpracy z Zagranicą w latach 2008–2012. Przez dziewięć lat kierował Zakładem Polityki Bezpieczeństwa, Dyplomacji i Historii Najnowszej, wcześniej Zakładem Najnowszej Historii Politycznej, Dyplomacji i Bezpieczeństwa (2009–2018). Funkcję dyrektora Instytutu Nauk Społecznych i Bezpieczeństwa pełnił przez pięć lat (2012–2017). Był wielokrotnie nagradzany za szczególne osiągnięcia w pracy naukowej, dydaktycznej i organizacyjnejPolska bezpieczna czy nie? Służby specjalne – wojsko – dyplomacja w XX i XXI wieku, red. M. Siewier, Częstochowa 2023. ISBN 978-83-66536-79-1. Monografia dedykowana Prof. dr. hab. Henrykowi Ćwiękowi..