Po wkroczeniu do Lubartowa 23 lipca Sowietów, którzy rozbrajali i aresztowali żołnierzy AK, na początku sierpnia Lekarz podjął decyzję o rozformowaniu oddziału.
Pod okupacją sowiecką Wkrótce potem Bolesław Mucharski przedostał się do Lublina i pod nazwiskiem Antoni Lipiński kontynuował działalność konspiracyjną, tym razem skierowaną przeciw komunistom. Ukrywając się przed aresztowaniem, współpracował z Czesławem Rossińskim ps. Jemioła. Obaj brali udział w zebraniach, podczas których rozważano organizację przez Okręg AK Lublin zamachu na Bolesława Bieruta i Edwarda Osóbkę-Morawskiego. Planów tych jednak nie zrealizowano.
22 grudnia 1944 Bolesław Mucharski został aresztowany przez radzieckie służby i trafił do aresztu śledczego NKWD w Lublinie. Wraz z 10 współwięźniami przewieziono go na Zamek Lubelski. Całą jedenastkę oskarżono o przynależność do nielegalnej organizacji konspiracyjnej i planowania zamachu na Bieruta i Osóbkę-Morawskiego. Proces odbył się w dniach 6-9 kwietnia 1945 przed Wojskowym Sądem Okręgowym. Wszystkich oskarżonych skazano na karę śmierci. Wyrok został wykonany 12 kwietnia na Zamku Lubelskim. Żołnierzy pochowano na cmentarzu przy ulicy Unickiej w Lublinie.
9 maja 1990 Sąd Najwyższy w Warszawie uniewinnił wszystkich jedenastu członków AK, w tym Bolesława Mucharskiego.