Następnie Jacek Reginia-Zacharski został profesorem nadzwyczajnym i adiunktem w Katedrze Teorii Polityki Zagranicznej i Bezpieczeństwa WSiP UŁ oraz prodziekanem ds. nauczania (2016–2019). Od 1 września 2021 do grudnia 2023 był dyrektorem Departamentu Strategii Polityki Zagranicznej Ministerstwa Spraw Zagranicznych.
Członek Polskiego Towarzystwa Nauk Politycznych (od 2004). Został członkiem rady Fundacji „Pomoc Polakom na Wschodzie” im. Jana Olszewskiego.
Publikacje książkowe Sprawa ukraińska w polityce Wielkiej Brytanii w latach 1917–1923 Wydawnictwo Adam Marszałek, 2004, EAN: 9788374410946 Współczesne Konflikty Zbrojne, Łoś Robert Reginia-Zacharski Wydawnictwo Naukowe PWN Warszawa 2010, Przedwojenne lotnictwo. Najpiękniejsze fotografie, Reginia-Zacharski Jacek Wydawnictwo RM Warszawa 2011, Rwanda. Wojna i ludobójstwo, Reginia-Zacharski Wydawnictwo Naukowe PWN 2012, Przedwojenna Łódź. Najpiękniejsze fotografie, Reginia-Zacharski Jacek, Wydawnictwo RM Warszawa 2012, Sąsiedztwo i pogranicze – między konfliktem a współpracą / pod red. Roberta Łosia i Jacka Reginii-Zacharskiego. Wydawnictwo Uniwersytetu Łódzkiego Łódź 2012 (t. 1) i 2013 (t. 2) Przedwojenne dwory. Najpiękniejsze fotografie, Reginia-Zacharski Jacek, Madziar Łucjan A., Wydawnictwo RM Warszawa 2013, Wojna w świecie współczesnym.