Okres wymierania – trwał od dnia 560, w którym wskaźnik przyrostu naturalnego stał się ujemny, do dnia 1588, w którym zdechła ostatnia mysz, kończąc tym samym eksperyment. Samice coraz rzadziej zachodziły w ciążę, a w końcowej fazie eksperymentu populacja całkowicie utraciła zdolność reprodukcji. Dnia 600 nastąpiło ostatnie żywe urodzenie. W dniu 920 doszło do ostatniej kopulacji. Była to najdłuższa faza eksperymentu. Wśród myszy nastąpił całkowity zanik zachowań społecznych, takich jak obrona własnego terytorium i potomstwa. Ich czynności sprowadzały się do zaspokajania potrzeb naturalnych i czyszczenia futra.
Wnioski Badacz wskazuje, że redukcja naturalnej umieralności w warunkach ograniczonej przestrzeni doprowadziła do nadmiernego zagęszczenia populacji. Młode osobniki dojrzewając nie znajdowały miejsca dla siebie w organizacji społecznej, w której wszystkie role były już obsadzone. W warunkach naturalnych wyjściem z takiej sytuacji jest emigracja, ale w eksperymencie była ona niemożliwa. Walczyły więc o te role tak zaciekle, że efektem ubocznym stał się upadek normalnej organizacji społecznej. Ponadto nadmierna liczba spotkań z innymi osobnikami doprowadziła do unikania kontaktów społecznych.