Przebudowa mały|Baszta łupinowa W połowie XIV wieku mury miejskie oraz układ urbanistyczny miasta przybrały ostateczny kształt. Rozpoczęto także budowę kościoła św. Jana Ewangelisty, który zbudowano w miejscu rozebranej drewnianej świątyni. W XVI w. promotorem budowy kościoła był również najprawdopodobniej biskup Przecław z Pogorzeli. Świątynię usytuowano poza rynkiem, w pobliżu murów miejskich. Przez mur w pobliżu kościoła przekuto tzw. Furtę Zmarłych, prowadzącą do położonego w pobliżu cmentarza.
Po napaści czeskich husytów na Paczków (17 marca 1428) pierścień murów obronnych został zniszczony. W 1429 r. zachowane mury i baszty, z uwagi na zły stan techniczny, częściowo zburzono. Brak dokładniejszych informacji, co do skali dokonanych zniszczeń czy rozbiórki.
Obwarowania zniszczonego wojną Paczkowa wraz z rozwojem techniki wojennej przestały zapewniać wystarczającą obronę i sukcesywnie traciły swoją pierwotną funkcję obronną. Dalszy rozwój broni palnej wymagał dostosowania nie tylko remontów, ale także rozbudowy murów miejskich i dostosowania ich do nowej broni.