Krużganek, okalający dziedziniec zbudowany był z arkad, których łuki spoczywały na podwójnych kolumnach, wykonanych, według tradycyjnej praktyki inżynierskiej, na przemian z marmuru i szarego kamienia z Promontorio. Na piętrze ulokowano 10 pomieszczeń, wśród których były pokoje kanoników i inne pomieszczenia użytkowe, w tym kuchnia, kapitularz, refektarz i biblioteka. Pomimo prac restauracyjnych, wykonanych w latach 1563 i 1567 stan budynku pogorszył się. W 1580 roku rząd Republiki Genui zażądał od kapituły sprzedaży 7 pomieszczeń klasztornych na potrzeby rozbudowywanego miejskiego więzienia. Żądanie to zostało spełnione dwanaście lat później. Kapituła otrzymała w zamian kilka nieruchomości przy ulicy Scurreria la Vecchia, dostępnych z klasztoru. W 1653 roku dwa boki klasztoru zostały podwyższone o dwa piętra. Dla wzmocnienia konstrukcji delikatne kolumny arkad tych boków zastąpiono masywnymi filarami. Zbombardowanie Genui w 1684 roku przez flotę Ludwika XV wyrządziło znaczne szkody miastu, w tym i klasztorowi. W latach 1743 i 1744 wykonano prace naprawcze przy murach klasztoru, dla sfinansowania których wykorzystano srebra z zakrystii. W 1743 roku papież Benedykt XIV przeniósł immunitet z klasztoru San Lorenzo na klasztor przy kościele Santa Maria delle Vigne.