Zbiory Zbiory muzeum prezentowane są w porządku chronologicznym, poczynając od podziemi, w których wyeksponowano znaleziska archeologiczne oraz monumentalny grób kardynała Luki Fieschiego z XIV wieku, pochodzący z katedry. Wśród dzieł rzeźbiarskich znajdują się Nagrobek Santolo z V wieku oraz Płyta z pawiami, wyrafinowana płaskorzeźba z X wieku, pochodząca z Bizancjum. Na parterze, który niedawno przeszedł reorganizację i modernizację, urządzono ekspozycję obrazów, rzeźby i biżuterii z okresu od XI do XVI wieku. Do najbardziej znaczących dzieł zaliczają się takie eksponaty jak: Poliptyk św. Bartłomieja Barnaby da Modena, relikwiarz ręki św. Stefana (z XII i XV wieku), cenne antepedium Opłakiwanie Martwego Chrystusa, wykonane przez nieznanego flamandzkiego hafciarza w 1515 roku, obraz Madonna na tronie z Dzieciątkiem między św. Dominikiem a św. Franciszkiem Perina del Vaga oraz się kolekcja płócien Luki Cambiasa, w tym ekspresyjne Ukrzyżowanie. Prezentacja zbiorów muzeum kontynuowana jest na piętrze w pokojach tematycznych, poświęconych nastawom ołtarzowym, sprzętowi procesyjnemu oraz malarstwu, obejmującemu okres do XVIII wieku. Wśród obrazów znajdują się: Madonna z Loreto Domenica Fiaselli oraz imponujące płótna Gregoria De Ferrari, Zaśnięcie św.