Zbiory archeologiczne thumb|240px|Podziemia muzeum – zbiory archeologiczne W 1987 roku, po rozpoczęciu prac restauracyjnych, służby archeologiczne Ligurii (Soprintendenza Aecheologica della Liguria) podjęły równoległe prace wykopaliskowe na terenie byłego klasztoru. Jej efektem są zbiory archeologiczne, eksponowane na parterze muzeum. Obszar ten był w czasach rzymskich terenem peryferyjnym, jeśli chodzi o tkankę miejską. Odkryto fragmenty domów z I wieku p.n.e. o ścianach z drewna i okładziny trzcinowej oraz fragmenty domów murowanych. Znaleziono cenne świadectwa życia codziennego, takie jak ceramika, ćwieki i żelazne zawiasy do drzwi, zwęglone kiście winogron i niewielki, marmurowy ołtarz, wykorzystywany do codziennych nabożeństw. Kolejne znaleziska świadczą, iż w tym miejscu w okresie między IV a Vi wiekiem dokonywano pochówków. Możliwe jest też, iż teren zaczął pełnić z czasem funkcję sakralną, w nawiązaniu do budowli o przeznaczeniu kultowym z VI wieku, zachowanej w podziemiach katedry. Wiek XI to początek budowy klasztoru.