Gdy rządy w Prusach objął po swym ojcu Fryderyk Wilhelm III, poczdamski pałac ponownie stał się oficjalną rezydencją mieszkalną władcy. Fryderyk Wilhelm III mieszkał w nim wraz z poślubioną w 1793 roku Luizą, przeprowadzając po 1799 roku kilka niewielkich zmian w wyglądzie pałacu. Szczególnym wydarzeniem związanym z dziejami pałacu za panowania króla jest pobyt w nim Napoleona Bonapartego w dniach 23–24 października 1806 roku. Syn i następca Fryderyka Wilhelma III, Fryderyk Wilhelm IV planował przebudowę fasady pałacu miejskiego od strony Lustgarten, lecz plany te nie zostały zrealizowane ze względu na jego postępującą chorobę psychiczną.
Po utworzeniu Cesarstwa Niemieckiego, zainteresowanie trzech kolejnych władców tego państwa, Wilhelma I, Fryderyka III i Wilhelma II pałacem miejskim w Poczdamie było niewielkie. Głównym miejscem ich zamieszkania był zamek w Berlinie, zaś poczdamski pałac pełnił jedynie rolę drugiej rezydencji. Z szacunku dla osiągnięć Fryderyka II Wielkiego żaden z cesarzy nie planował jakichkolwiek modyfikacji wyglądu budynku, który został mu nadany podczas przebudowy przeprowadzonej przez tego pruskiego władcę.
Losy pałacu po upadku monarchii; zniszczenie i rozbiórka
thumb|Pałac na zdjęciu prawdopodobnie wykonanym w latach 1928–1944, widziany z wieży kościoła św. Mikołaja thumb|Ruiny pałacu po II wojnie światowej thumb|Zachowany budynek stajni pałacowych w 2012 roku