W 1896 postanowiono kościół przebudować, w związku z czym wykonano inwentaryzację. Następnie prawosławni dodali na dachu drewnianą, pozorną kopułę na tamburze, a nad prezbiterium niewielki cebulasty hełm, poza tym nadbudowano elewacje boczne dodając kokosznikowe szczyty oraz usunięto pierwotny barokowy hełm i zamiast niego osadzono wysoki namiotowy. W 1900 roku na gruncie klasztornym zbudowano trzy murowane budynki składów tytoniowych Lejby Szereszewskiego.
W związku z ofensywą niemiecką w 1915 roku mnisi prawosławni uciekli do Rosji. Klasztor zajął komitet pomocy wojennej, redakcja gazety, białoruski klub poselski. W 1920 roku Komisja Opieki nad Zabytkami Sztuki i Kultury ziemi grodzieńskiej stwierdziła, że kościół i klasztor zachowały swoje pierwotne formy, a rosyjskie przeróbki będą łatwe do usunięcia. W 1925 roku w jednym z budynków klasztoru ulokowano Państwowe Seminarium Nauczycielskie Męskie. W drugim mieścił się internat i mieszkanie dyrektora. Dyrektor Seminarium Józef Biegański doprowadził do wyremontowania refektarza, zachowując dawne elementy wystroju architektonicznego;