Werner Hartmann (ur. 11 grudnia 1902 w Wernigerode, zm. 26 kwietnia 1964 w Ussel/Waldeck) – niemiecki oficer marynarki w stopniu komandora, dowódca niemieckich okrętów podwodnych (U-Bootów) w czasie II wojny światowej.
Życiorys Hartmann miał dwójkę rodzeństwa, a jego ojciec był ewangelickim pastorem w Silstedt. Zaraz po zakończeniu I wojny światowej wstąpił do Reichsmarine. Doświadczenie dowódcze zdobywał na torpedowcach. W 1935 roku wstąpił do U-Bootwaffe. Na U-26 uczestniczył w międzynarodowej służbie kontrolnej podczas hiszpańskiej wojnie domowej.
Od października 1938 do 31 grudnia 1939 roku był dowódcą 6. Flotylli U-Bootów „Hundius”, w okresie zaś od stycznia do maja 1940 roku dowodził 2. Flotyllą U-Bootów „Saltzwedel”. W chwili wybuchu II wojny światowej dowodził U-37 należącym do 2 Flotylli. Z U-37 Hartmann wypłynął na trzy patrole. Na pierwszym (5 października do 8 listopada 1939 roku) zatopił osiem statków o łącznej pojemności 35 306 BRT, na drugim (28 stycznia 1940 roku do 27 lutego 1940) osiem statków o łącznej pojemności 24 538 BRT. Po powrocie admirał Karl Dönitz uznał, że dowodzenie z lądu jest bardziej efektywne. Hartmann służył potem na różnych stanowiskach sztabowych.