Do startu w III rundzie kwalifikacyjnej uprawniono 8 drużyn z poprzedniej rundy.
Ranking drużyn do Copa Sudamericana Klasyfikacja drużyn, które odpadły w III rundzie kwalifikacyjnej została sporządzona na podstawie wyników meczów tych czterech drużyn w III rundzie kwalifikacyjnej. Na tej podstawie dwie najwyżej sklasyfikowane drużyny uzyskały przepustkę do Copa Sudamericana 2017. Awans do Copa Sudamericana 2017
Faza grupowa
Losowanie odbyło się 21 grudnia w Luque w Paragwaju. Do startu w fazie grupowej uprawnione są 32 drużyny (w tym 4 zwycięzców III rundy kwalifikacyjnej oraz zwycięzca Copa Sudamericana z poprzedniego sezonu). W trakcie losowania zespoły zostały rozdzielone na 4 koszyki, następnie rozlosowane i podzielone na 8 grup po 4 drużyny każda. Do jednej grupy nie będą mogły trafić drużyny z tego samego koszyka i federacji, z wyjątkiem drużyn, które uzyskały awans z III rundy kwalifikacyjnej, ponieważ w momencie losowania nie były znane drużyny, które awansują z eliminacji.
Wszystkie zespoły zagrają ze sobą dwukrotnie – po 2 najlepsze z każdej grupy awansują do fazy pucharowej, drużyny z 3. miejsc otrzymają prawo gry w drugiej rundzie Copa Sudamericana.