W początkach lat 90. Balašević współpracował z gitarzystą Davorem Rodikiem, perkusistą Nenadem Jazunoviciem i skrzypkiem Josipem Kiki Kovačem. Wspólnie z nimi nagrał takie utwory jak Nevernik i Ringišpil, które znalazły się na wydanej w 1991 płycie Marim ja... Po wybuchu wojny w Jugosławii artysta musiał przerwać współpracę ze swoimi producentami i znalazł się w izolacji z powodu antywojennych poglądów. Pełnił funkcję Ambasadora Dobrej Woli Komisarza ONZ d.s. uchodźców.
W nagraniu kolejnego albumu Jedan od onih života, który ukazał się w 1993 towarzyszył mu nowy zespół muzyków: pianista Aleksandar Dujin, gitarzyści: Dušan Bezuha i Aleksandar Kravić, perkusista Dragoljub Đuričić oraz Đorđe Petrović i Josip Kovač. Utwory Krivi smo mi (To nasza wina) i Čovek sa mesecom u očima (Człowiek z księżycem w oczach) poddawały krytyce toczącą się nadal wojnę. Balašević coraz częściej krytykował na koncertach politykę Slobodana Miloševicia.
Po podpisaniu porozumienia w Dayton i zakończeniu wojny, w 1998 artysta przyjechał do Sarajewa, a jego koncert w przepełnionej sali Skenderija spotkał się z entuzjastycznym przyjęciem mieszkańców miasta.