Elektroforeza jest używana głównie w celach analitycznych ze względu na trudności w rozdzielaniu w ten sposób dużych ilości białek i koszt urządzenia, który by to umożliwiał. Poza tym rozdział ze względu na ładunek czy punkt izoelektryczny umożliwia w prostszy sposób chromatografia jonowymienna.
Chromatografia jonowymienna W chromatografii jonowymiennej kolumny wypełnione są nośnikiem o ładunku ujemnym lub dodatnim. Białka o takim samym ładunku wypadkowym jak nośnik odpychają się od niego i swobodnie przez niego przepływają. Zatem w przypadku nośnika naładowanego dodatnio, białka elektrycznie obojętne i naładowane dodatnio (zasadowe) przepłyną swobodnie przez kolumnę, a białka naładowane ujemnie (kwaśne) odwracalnie się z nim zwiążą. Związane białka są następnie wymywane przez przepływ roztworów o wzrastającej sile jonowej (gradient solny tworzony zwykle przez NaCl lub KCl). Przy niskim stężeniu soli białka i nośnik przyciągają się przez swoje różnoimienne ładunki. W wyższych stężeniach soli jej ujemne jony wiążą się do dodatnio naładowanego nośnika, wypierając ujemnie naładowane białka. Dzięki gradientowi (wzrastającemu stężeniu soli) słabo naładowane białka są wymywane w pierwszej kolejności, a białka o wysokim ładunku – jako ostatnie.