Wkrótce po wybuchu II wojny światowej Stanisław Draguła zgłosił krakowski zbór do władz niemieckich i uzyskał zezwolenie na przeprowadzanie nabożeństw. Zbór zgromadzał się w sali przy ul. Krakowskiej 26 do 1 czerwca 1941 roku gdy zakazano działalności wszelkim niezarejestrowanym związkom wyznaniowym w tym także przeprowadzania zebrań religijnych. Od tej pory zebrania urządzano w niewielkich grupach i zaprzestano działalności zborowej. Zmniejszało to ryzyko aresztowań. W okresie II wojny światowej zbór nie poniósł strat osobowych.
Okres powojenny Po wyzwoleniu spod okupacji niemieckiej Stanisław Draguła zgłosił krakowski zbór do władz co umożliwiło organizowanie zebrań. Pierwszym po II wojnie światowej miejscem zebrań zboru krakowskiego były mieszkania prywatne a nieco później ponownie sala przy ul. Warszawskiej 17. Od 25 grudnia 1948 do 31 października 2004 roku, miejscem zebrań zboru była sala przy ulicy św. Filipa 13 wydzielona na ten cel z prywatnego warsztatu przez członka zboru Stefana Ciechanowskiego. W latach 50. starszym zboru był Leon Molo. Tam też mieściła się siedziba Zarządu Zrzeszenia.