Po wydobyciu z wody wraku samolotu i przeprowadzeniu dochodzenia okazało się, że winny był pęknięty ciśnieniowy przewód paliwowy, który podczas lutowania w trakcie montażu został nadmiernie przegrzany, a tym samym stracił swoją wytrzymałość. Pomimo utraty prototypu, w marcu 1956 roku w parlamencie przeforsowano dalsze finansowanie projektu i zamówienie kolejnych czterech przedseryjnych prototypów. 16 czerwca 1956 roku po raz pierwszy w powietrze wzniosła się w powietrze druga z maszyn prototypowych, J-3002. Samolot oznaczony jako P-16.04, w odróżnieniu od utraconej maszyny zaopatrzony był w spadochron hamujący i zmodyfikowane wloty powietrza do silnika z płytami oddzielającymi warstwę przyścienną powietrza oraz stałe uzbrojenie strzeleckie. Podczas lotu wykonywanego 15 sierpnia 1956 roku samolot po raz pierwszy przekroczył barierę dźwięku. W lutym i marcu 1957 roku maszyna wzięła udział w próbach wojskowych. Opinie personelu sił powietrznych eksploatującego samolot nie były pochlebne. Niezadowalająca stabilność kierunkowa w locie, praca siłowników hydraulicznych układu sterowania, skłonności do wpadania w drgania typu „buffeting” podczas lotu z dużą prędkością, te i inne wady były raportowane przez pilotów podczas prób. 15 kwietnia 1957 roku do swojego pierwszego lotu wzbił się trzeci prototyp J-3003.