W roku 2007 wprowadzono studia dwustopniowe: inżynierskie (3,5 roku) i magisterskie (2 lata).
Od 2010 Wydział Nawigacyjny ma uprawnienia do nadawania stopnia naukowego doktora nauk technicznych w dyscyplinie transport.
Współczesność mały|Audytorium mały|Jeden z symulatorów mostka kapitańskiego W skład Wydziału wchodzą: Katedra Nawigacji Katedra Eksploatacji Statku Katedra Geodezji i Oceanografii Katedra Transportu i Logistyki Katedra Matematyki (Katedra Matematyki obejmuje nauczaniem matematyki wszystkich studentów Uniwersytetu Morskiego)
W roku akademickim 2016/2017 Wydział Nawigacyjny prowadził studia stacjonarne i niestacjonarne na dwóch kierunkach: Nawigacja, w specjalnościach transport morski, technologie offshorowe, zarządzanie bezpieczeństwem w transporcie morskim, żegluga arktyczna Transport, w specjalnościach: transport i logistyka oraz morskie systemy transportowe i logistyczne. Na wydziale prowadzone są też studia podyplomowe.
Baza dydaktyczna Wydział Nawigacyjny dysponuje wieloma laboratoriami i symulatorami umożliwiającymi studentom poznawanie budowy i działania różnych systemów, urządzeń i procesów.