Był członkiem Komisji Rewizyjnej Polskiego Towarzystwa Anatomicznego, Łódzkiego Towarzystwa Naukowego, Komisji Biologii Nowotworów PAN i Komisji do Badań nad Miażdżycą, Rady Naukowej Instytutu Patologii Akademii Medycznej i Instytutu Medycyny Pracy, komitetów redakcyjnych trzech czasopism medycznych i in. Należał do Europejskiego Towarzystwa Patologów i współorganizował Polskie Towarzystwo Patologów. Pełnił funkcje społeczne w komisjach ministerialnych, miejskich i uczelnianych; był m.in. z ramienia ministra zdrowia członkiem Komisji Stypendiów Naukowych oraz w komisji ds. szkoleniowych wyjazdów pracowników naukowych do ZSRR. Prowadził odczyty i pogadanki w Towarzystwie Wiedzy Powszechnej, liceach ogólnokształcących i fabrykach.
Tematyka badań naukowych i publikacje Aleksander Pruszczyński jest autorem lub współautorem ponad 40 artykułów naukowych, m.in. na temat: raka jądra, piersi, jajnika i płuc („Nowotwory” 1930, „Medycyna” 1931, 1932, „Pol. Przegl. Radiologiczny” 1932) zmian w jajnikach pod wpływem hormonów przysadki („Warsz. Czas. Lek.” 1932, „Monatsschrift für Geburtshilfe” 1932) marskości wątroby („Pol. Arch. Med. Wewn.” 1935, 1962) pojemności życiowej płuc i zaburzeń wymiany gazowej w gruźlicy („Pol. Gaz. Lek.” 1935, 1936, „Revue de la Tuberculose” 1935) serologii gruźlicy i nowotworów („Bull.