Podczas niemieckiej okupacji w latach 1941–1944 kościół był otwarty dla wiernych. W latach 1941–1947 proboszczem był ks. Mieczysław Małynicz. W 1946 roku świątynię zabrano wiernym i przeznaczono na skład. W odpowiedzi na odmowę władz oddania kościoła, proboszcz zbojkotował wybory do miejscowych sowietów. Został aresztowany w czerwcu 1947 roku i skazany w styczniu 1948 r. pod zarzutem „agitacji antysowieckiej” na siedem lat łagru. Wyrok odbywał w łagrze Uglicz pod Moskwą. W 1954 r. ks. Mieczysław Małynicz odzyskał wolność i osiadł w Słucku, skąd prowadził nielegalną działalność wędrownego duszpasterza na wschodniej Białorusi. W latach 60. XX wieku kupił drewniany dom w Mohylewie, który przeznaczył dla ukrytego zgromadzenia sióstr od Aniołów.
W latach 1964–1986 w kościele funkcjonowało Archiwum Państwowe Obwodu Mohylewskiego.