Jego sytuacja finansowa polepszyła się na tyle, że postanowił znów poświęcić się pracy naukowej. W 1881 roku osiadł w Cambridge w pobliżu Harvard College Observatory, gdzie zatrudnił się i prowadził badania jako niezależny astronom. Opublikował m.in. trzy katalogi gwiazd zmiennych – w 1888 (225 gwiazd), 1893 (260 gwiazd) i 1896 roku (393 gwiazdy). Pracował jako zastępca redaktora naczelnego czasopisma „The Astronomical Journal”, a po śmierci Goulda w 1896 roku sam został redaktorem naczelnym i pracował na tym stanowisku aż do 1909 roku. Gdy czasopismo popadło w kłopoty finansowe, wspomógł je ze swoich własnych funduszy. W 1904 roku przeprowadził się do Wellesley Hills, gdzie 31 grudnia 1913 roku zmarł po krótkiej chorobie płuc.
Miał siedem córek.
Nagrody i wyróżnienia Członkostwo w National Academy of Sciences (1888) Członkostwo w American Academy of Arts and Sciences Członkostwo w brytyjskim Królewskim Towarzystwie Astronomicznym i niemieckim Astronomische Gesellschaft Medal Jamesa Craiga Watsona (1894) Złoty Medal Królewskiego Towarzystwa