30 sierpnia „Taszkient” został jednak uszkodzony w ataku lotniczym przez bliskie wybuchy dwóch bomb, które wybiły dziurę w burcie w części rufowej (zginęło 2 marynarzy, 7 rannych). Po prowizorycznej naprawie w Odessie, został odesłany pod eskortą niszczyciela „Smyszlonnyj” i czterech kutrów z małą prędkością do Sewastopola.
Od 1 września do 31 października 1941 roku okręt był remontowany w doku w Sewastopolu; zainstalowano też przy tym wieżę z dwoma działami przeciwlotniczymi 76 mm na rufie. Dowódca „Taszkienta” W. Jeroszenko w tym czasie dowodził niszczycielem , który jednak został 21 września zatopiony przez lotnictwo. Po 1 listopada, z uwagi na postępy wojsk niemieckich, „Taszkient” został ewakuowany wraz z głównymi siłami Floty do Poti, następnie do Batumi. 21 listopada ostrzeliwał wojska niemieckie pod Sewastopolem (145 pocisków), po czym dostarczył tam zaopatrzenie i ewakuował rannych i część mieszkańców, powracając do Batumi. W dniach 25–29 listopada „Taszkient” eskortował konwój statków radzieckich (w tym lodołamacz „Mikojan”) w kierunku Bosforu, odnosząc przy tym uszkodzenia kadłuba na skutek silnego sztormu (usunięte do 15 grudnia).