Budynek kaplicy został uszkodzony w czasie II wojny światowej, podczas bombardowania lotniczego 14 lutego 1941 roku. Pewna ilość szczątków zmarłych została zebrana i pochowana na cmentarzu Addolorata, chociaż krypta mogła przetrwać nienaruszona. Ruiny kaplicy rozebrano w późnych latach 70. XX wieku, pozostawiając jedynie kilka szczątków na miejscu.
Pozostałości kaplicy, w tym sarkofag fundatora, znajdują się dziś na ogrodzonym terenie obok parkingu Evans Building. W roku 2002 ruiny zostały odświeżone przez Archaeological Services Cooperative oraz Grupp Arkeologiku Malti (Maltańska Grupa Archeologiczna), lecz od tego czasu popadły w stan zaniedbania. Pozostałości kaplicy zostały w roku 2008 zaliczone przez Malta Environment and Planning Authority do zabytków narodowych klasy B.
Architektura Kaplica Nibbia była ośmiokątnym budynkiem z kopułą. Na fasadzie znajdował się olbrzymi portal z głównym wejściem, obramowanym z każdej strony dwoma doryckimi pilastrami. Drzwi posiadały architraw z marmurową płytą, zwieńczoną półokrągłym frontonem. Powyżej, pomiędzy kilkoma małymi pilastrami i zwojami, umieszczone było centralnie łukowe okno. Wszystko to oddzielone było od niższego poziomu przez cienki gzyms.