2 września 1939 Niemcy aresztowali proboszcza Józefa Domerackiego - został on zamordowany w dniu 26 października 1939 w ich obozie koncentracyjnym w Buchenwaldzie. Osadzono go najpierw w więzieniu w Wyrzysku, 8 września przeniesiono do Piły, a 13 września umieszczono jeszcze przejściowo w obozie koncentracyjnym w Dachau. Parafia przestała funkcjonować.
Od 27 kwietnia 1945 nabożeństwa odsługiwał proboszcz z Łobżenicy - ksiądz Stanisław Gierszewski. Od 27 lipca 1945 do Gromadna wrócił proboszcz - powołany na to stanowisko został ksiądz Stanisław Goliwąs. Kościół był w dobrym stanie, tylko okna zrujnowano w wyniku działań wojennych. Niemcy zdewastowali też cmentarz przykościelny. W 1945 parafia została całkowicie pozbawiona protestantów. W 1968 ksiądz Goliwąs wszedł w konflikt z parafianami i musiał opuścić parafię (parafianie zablokowali nawet przejściowo dostęp do kościoła). 15 czerwca 1988 rozpoczęły się prace remontowe (m.in. naprawa przeciekającego dachu). 26 października 1991 kościół nawiedził z wizytacją kanoniczną kardynał Józef Glemp. W 1992 przy świątyni zbudowano dom pogrzebowy, którego poświęcenia dokonał arcybiskup Henryk Muszyński. W 2011 został przeprowadzony generalny remont plebanii. W 2012 zbudowano nowe schody do kościoła. W 2013 ustawiono pomnik z popiersiem papieża Jana Pawła II.