Leki przeciwprątkowe należy włączyć przy samym tylko podejrzeniu choroby, bez czekania na wyniki badań mikrobiologicznych. Za gruźliczą etiologią zapalenia opon przemawia porażenie nerwów czaszkowych, objawy wzmożonego ciśnienia wewnątrzczaszkowego, zaburzenia neurologiczne pochodzące z wielu struktur.
Najlepszymi lekami w leczeniu gruźliczego zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych jest izoniazyd, ryfampicyna, pirazynamid oraz streptomycyna. W późniejszych stadiach choroby pomocne są glikokortykosteroidy. Czasami wykonuje się operacje neurochirurgiczne dla zmniejszenia wodogłowia lub uwolnienia zrostów okolicy skrzyżowania nerwu wzrokowego.
Przez kilka dni po włączeniu leków choroba nadal postępuje, co pogarsza rokowanie chorych w złym stanie. Zdarza się także, że po pierwszych dawkach leku objawy nasilają się przejściowo w wyniku reakcji Herxheimera.
Rokowanie Bez leczenia chorzy zawsze umierają. Śmiertelność u nieprzytomnych chorych wynosi 50-70%, a połowa wyleczonych ma trwałe uszkodzenia układu nerwowego.