W czerwcu 1939 Lee opuściła Egipt na zawsze.
II wojna światowa lewo|mały|Lee Miller (druga od prawej) wraz z pięcioma innymi korespondentkami wojennymi relacjonującymi postępy wojsk alianckich w czasie II wojny światowej, 1943 rok. Od lewej: Mary Welch, Dixie Tighe, Kathleen Harriman, Helen Kirkpatrick, Lee Miller i Tania Long. 1 września 1939 dostała się do Anglii, gdzie zamierzała zostać do końca życia i włączyć się w ogólnonarodowy wysiłek wojenny. Powróciła do pracy fotografa w magazynach kobiecych. Londyńskie zdjęcia Miller stały się wkrótce kanonicznymi obrazami barbarzyńskiej zagłady kultury. W czasie swojego pobytu na Wyspach Brytyjskich fotografowała jednak także artystów, ludzi kultury czy nauki, m.in. Grahama Sutherlanda. Z tego okresu zachowało się także m.in. jej zdjęcie przedstawiającą Annę Leską w kokpicie myśliwca Spitfire.