Czterokrotnie była aresztowana, za ostatnim razem postawiono ją przed sądem w Framingham (Massachusetts). Zarzucano jej „prowadzenie działalności medycznej bez zezwolenia oraz hipnotyzowanie ludzi i wprowadzanie ich w trans”. Proces ten, w którym wielu świadków stawało w jej obronie, przyczynił się do zrozumienia i zaakceptowania tego typu chrześcijańskiej posługi. Wcześniej bywało, że nawet kilkunastu lekarzy przychodziło na spotkania, aby je obserwować, niektórzy z nich doznawali głębokiego nawrócenia. Ona sama zwykle nie broniła się. Powiedziała kiedyś, iż „nie została powołana do bronienia się, lecz do przyprowadzania ludzi do Jezusa Chrystusa”.
Kazanie do kobiet Maria Woodworth-Etter była inspiracją dla kolejnych kobiet w podjęciu podobnej misji. Wśród nich znana jest Aimee Semple McPherson, która będąc również wędrowną ewangelistką, podziwiała i naśladowała Marię. W swoim pamiętniku w 1918 roku napisała: „O spotkaniu z siostrą Etter marzyłam całymi latami. A mówiłam o tym zwłaszcza w ciągu ostatnich kilku miesięcy. Bardzo chciałam usłyszeć, jak głosi i być obecną na prowadzonych przez nią nabożeństwach”.