Cmentarz przetrwał wszystkie okresy silnych animozji religijnych w dobie kontrreformacji. Został zlikwidowany dopiero w pierwszej połowie XIX wieku w związku z budową pasa fortyfikacji wokół miasta. Nadprezydent Eduard Heinrich Flottwell zrekompensował gminie luterańskiej utratę nekropolii parcelą na przedmieściu Nowe Ogrody (obecny Park Jana Henryka Dąbrowskiego), wykupionej od Anny Mycielskiej. Protestanci otrzymali również odszkodowanie w wysokości pięciu tysięcy talarów. Część parceli przyznano też gminie kalwińskiej. Konsekracja nowych cmentarzy nastąpiła 11 grudnia 1831. Nagrobki i sarkofagi translokowano ze Wzgórza Świętego Wojciecha, co opisał Marceli Motty w swoich Przechadzkach po mieście: Pamiętam dobrze, gdy ów pagórek cmentarny skopywano i nieboszczyków z niego rugowano. W niektórych miejscach prostopadle skopanych trumny wyglądały, kości i czaszki sterczały z ziemi jak rodzynki i migdały z przekrajanej baby. Wszystkie resztki nieboszczyków, co się tam znalazły, przewieziono do nowo założonego cmentarza przy Półwiejskiej ulicyJoanna Lubierska-Lewandowska, Kilka słów o poznańskich nekropoliach, Wielkopolskie