Zbiory Pierwszego znanego zakupu płócien Margherity Caffi dokonał w 1686 roku w Wenecji Wielki Książę Toskanii Ferdynand Medyceusz. Obrazy te włączył do swojej, budowanej od lat 80. kolekcji dzieł sztuki. Ponieważ miał kilka rezydencji, jego zbiory mieściły się w poszczególnych z nich. We Florencji książę mieszkał w lewym skrzydle piano nobile Palazzo Pitti. Miał on w sumie 8 obrazów Margherity Caffi. Sześć spośród nich znajdowało się w jego willi w Poggio a Caiano, a dwa kolejne w Villa di Castello (obecnie w Palazzo Pitti). Dwa owalne obrazy Margherity Caffi miała w swej kolekcji babcia księcia, Wiktoria della Rovere. Obecnie znajdują się one w Galerii Uffizi. 6 kolejnych obrazów znalazło się w zbiorach rodu Arese. Obrazy Caffi były wysyłane w dużej liczbie do Hiszpanii, choć o jej pobycie w tym kraju nie ma żadnych informacji. Przyjmuje się, przyczyną były tu zażyłe związki pomiędzy dworem hiszpańskim a Medyceuszami we Florencji. W hiszpańskich kolekcjach znalazlo się łącznie 16 prac artystki.