Ekologia i zachowanie Myszołowy mongolskie gniazdują na stepach i obszarach pustynnych. W Rosji odnotowywane były w lasostepie i na otwartych terenach z pagórkami i skalnymi wychodniami. W Kazachstanie występują na półpustyniach, pustyniach, zboczach gór i w górach, natomiast w Tybecie na polach i innych otwartych terenach. Żywią się gryzoniami, takimi jak norniki, susły, myszoskoczki i szczekuszkowate, oraz niewielkimi ptakami. W Mongolii, gdzie gniazduje większa część populacji, myszołowy mongolskie jedzą głównie chinorniki stepowe (Lasiopodomys brandtii); w dużej mierze sukces lęgowy myszołowów zależy od zagęszczenia tych ssaków.
Lęgi Zniesienia przypadają na kwiecień i maj, okres lęgowy trwa do czerwca–sierpnia. Gniazdo niewielkie, zbudowane z gałęzi, umieszczone na klifie, skalistym zboczu, pod krzewem lub na stosie kamieni. Wyściełane jest wełną, skrawkami materiału i suchym łajnem. Zniesienie liczy 3–4 jaja, mają białą skorupkę z żółtobrązowymi plamami. Inkubacja trwa około 30 dni. Młode opuszczają gniazdo po blisko 45 dniach.