Prawie pionowy przedni brzeg grzebienia tworzył kąt prawie że prosty z górnym brzegiem czaszki. W porównaniu z innymi owiraptorydami wyrostki nosowe kości przedszczękowej były ledwie widoczne z góry, gdzie łączyły się z kośćmi nosowymi w najwyższym punkcie grzebienia. Grzebień ten rozpościerał się do tyłu i do dołu, tworząc zaokrąglony łuk w najwyższym swym punkcie. Średnica oczodołu mierzyła 52 mm. Oczy wydawały się dużymi, gdyż czaszka była krótka. Zagłębienie przedoczodołowe do przodu od oka składało się z dwóch okien: dużego okna przedoczodołowego na tyle i małego okna szczękowego na przedzie. Nemegtomaia odróżniała się od innych owiraptorów kością czołową pośrodkowo w czaszce mierzącą około 25% długości kości ciemieniowej w kierunku przednio-tylnym. Nozdrza zewnętrzne były względnie niewielkie, leżały wysoko.