7 grudnia 1955 roku doszło do katastrofy prototypowej maszyny, w której zginęła cała czteroosobowa załoga znajdująca się na pokładzie, między innymi jeden z najbardziej doświadczonych w lotach na wodnosamolotach pilotów marynarki, komandor podporucznik Victor Utgoff. Powodem była awaria siłownika statecznika poziomego, jednak nie udało się dociec źródła awarii. Maszyna rozbiła się w nurtach rzeki Potomak. W następstwie awarii kabinę załogi wyposażono w katapultowane fotele, zmodyfikowano siłownik steru poziomego, wzmocniono system symulacji sił na efektorach układu sterowania. 18 maja 1956 roku oblatano drugi prototyp BuNo 138822. Grudniowa katastrofa nie zniechęciła US Navy i 31 sierpnia 1956 roku marynarka złożyła zamówienie na 24 maszyny seryjne oznaczone jako P6M-2. Błąd w obliczeniach przy modernizowaniu statecznika poziomego po pierwszej katastrofie był przyczyną jego awarii 9 listopada 1956 roku. Drugi prototyp podczas lotu utracił całkowicie stateczność wzdłużną, wpadł w niekontrolowane wibracje i w konsekwencji rozpadł się w powietrzu. Dzięki wyrzucanym fotelom cała załoga uratowała się na spadochronach. Pomimo obydwu katastrof program kontynuowano.