Był to zespół czerpaków przymocowanych do łańcucha, poruszanych prądem wody płynącej w kanale, który podawał wodę na szczyt wieży do rury, z której płynęła ona do zbiornika położonego na wzgórzu miejskim i rozchodziła się do odbiorców oraz zasilała studnię wewnątrz murów Wzgórza Katedralnego. Wieżę wodną wybudowano naprędce i niezbyt starannie, na istniejącej już budowli, prawdopodobnie dawnego młyna.
Kanał Kopernika na skutek działań wojennych w okresie luty-marze 1945 roku przestał funkcjonować. Po 1945 r. został zdewastowany, a urządzenia na kanale – jaz, śluzy, stawidła zostały zniszczone w latach 50. i 60. XX w.
Dodatkowo w latach 70. – w czasie czynionych przygotowań do obchodów kopernikowskich – mimo protestów ze strony miłośników miasta zasypana została część kanału biegnąca przez miasto. Częściowej rewitalizacji Kanał Kopernika doczekał się w 2015 roku.
Zabytkowy charakter Kanał Kopernika, jako najstarsza budowla hydrotechniczna w północnej Polsce, zbudowana w XIV wieku, został 27 czerwca 1968 roku wpisany do rejestru zabytków pod poz. nr w rej. zabytków: 1305.