12 grudnia 1920 roku, jeszcze przed podpisaniem traktatu pokojowego w Rydze (18 marca 1921), na rozkaz naczelnego dowództwa pułk Kątskiego otrzymał rozkaz dyslokacji i powrotu do Ostrowa Wielkopolskiego. Kątski został awansowany do stopnia porucznika rezerwy piechoty. W 1923, 1924 był oficerem rezerwowym macierzystego 60 pułku piechoty, stacjonującego w Ostrowie Poznańskim. W 1934 jako porucznik rezerwy był przydzielony do 4 pułku piechoty Legionów i pozostawał wówczas w ewidencji Powiatowej Komendy Uzupełnień Katowice.
We wrześniu 1939 roku Stefan Kątski jako oficer WP w stopniu porucznika piechoty, wziął udział w kampanii obronnej. Następnie drogą przez Węgry, przedostał się do Francji, do formowanych tam oddziałów Armii Polskiej w obozie szkoleniowym – Camp de Coëtquidan – Guer, departament Morbihan/Bretania. Po upadku Francji i ewakuacji pozostałych wojsk polskich do Wielkiej Brytanii, od czerwca 1940 roku, Stefan Kątski służył w I Korpusie Polskich Sił Zbrojnych, z przydziałem na konserwatora do Archiwum i Muzeum PSZ na Zachodzie w Gask House w hrabstwie Perthshire, w Szkocji.