Rycerze Zakonu wysłali listy do europejskich dworów królewskich, w których zagrozili opuszczeniem wyspy, jeśli nie dostaną pomocy finansowej i zbrojnej. 14 marca 1566 roku, po otrzymaniu gwarancji od Hiszpanii i innych dworów, zdecydowali się rozpocząć budowę.
Laparelli opracował plan miasta na wzór siatki, aby w lecie morska bryza mogła łatwo go przewietrzać. Opracował również system odwadniający. Zdecydował, że miasto otoczą mury obronne, a Fort Saint Elmo na końcu półwyspu ma zostać przebudowany. Kamień węgielny nowego miasta Valletta położony został w marcu 1566 roku. Filip II Hiszpański wysłał Giovan Giacomo Paleari Fratino, aby ten sprawdził projekt fortyfikacji. Giacomo Bosio zapisał dyskusję między Fratino i Laparellim, która miała miejsce na początku kwietnia 1566 roku. Końcowy projekt, opublikowany 18 czerwca 1566 roku, zakładał ufortyfikowane miasto, które zajmie półwysep aż do Fortu St. Elmo, którego cztery bastiony i dwie cavaliery strzegą strony lądowej.